Resolvi escrever esse post para ajudar a realizar uma federação entre servidores Lync. Essa federação parte do préssuposto que vocë já está com seu Lync Server funcionando corretamente, incluindo comunicação externa (fora de sua Intranet).
Para realizar a federação é simples, acesse o painel de controle do Lync Server:

Em seguida você pode fazer de duas formas uma federação:
Primeiro Exemplo
A primeira seria ativar a descoberta automática (Em política global), sendo que assim, qualquer empresa pode federar com qualquer usuário da sua empresa. Essa politica também pode ser ativada a nivel de usuário. (Limitações: Nesse modelo h[a limitações de até 1000 usuários e 20 mensagens por segundo).

Depois, quando alguém desejar inserir vocë nos contatos do Lync, deverá apenas digitar seu usuário@dominiodaempresa.com.br.

Segundo Exemplo
Nesse segundo exemplo, mais seguro, você deve inserir o nome do dominio parceiro que deseja federar na lista de permitidos, conforme a tela abaixo:

Informações essa que o parceiro Lync irá lhe passar. Isso deve ser feito em ambos os lados para funcionar corretamente. E pronto!
Depois vocë deve realizar a pesquisa e adicionar o contato:

Espero ter ajudado e até a próxima!
Alan Carlos